Dès 1610 , l'église Saint Jean Baptiste abritait un orgue, construit par le facteur dijonnais Simon DUPREY. 

A partir du 13 juillet 1765, la municipalité de Saint Jean de Losne traite vec Bénigne BOILLOT pour la construction d'un nouvel orgue. 
C'est lui qui l'entrediendra jusqu'à sa mort en 1794. 
L'instrument est contenu dans un meuble unique (5,15x3,85x1,3 m). 
Les claviers sont placés à l'arrière. 
Le buffet, en chêne, s'inspire de la disposition et des proportions de l'orgue de Dole. 
La soufflerie actuelle est constituée d'un réservoir à tables parallèles, à plis compensés, situé en hauteur derrière l'orgue, alimenté par deux pompes actionnées par un levier manuel et un ventilateur Meidinger. 
La mécanique de notes est simple. 
La tuyauterie ancienne est réalisée en métal martelé. Elle a subit de nombreuses restaurations. 

Les organistes de Saint Jean de Losne sont connus depuis le début du XVII° siècle ; c'étaient des religieux du couvent des Carmes puis des "bourgeois" de la ville : maître d'école, apothicaire.... au service de l'église et de la communauté assurant un rôle entièrement liturgique. 
De 1736 à 1739, c'est l'organiste de Citeaux , Regnaudot qui joue de l'orgue à Saint Jean de Losne. 
A partir du 22 septembre 1739, c'est Claude Balbastre qui devient organiste. 
Il est le frère aînè de Claude Bénigne Balbastre, organiste à Dijon puis à Paris et compositeur connu en particulier pour ses "Quatre livres de Noëls" et des concerti pour orgues et orchestres. 
Il signe un contrat avec les échevins de la ville pour "toucher l'orgue pendant trois années consécutives commençant au jour de la Saint Jean Baptiste prochaine..." 
Il touche la somme de 200 livres, alors que l'organiste de Notre-Dame de Dijon ne touche que 110 livres ! 
Il assurera sa charge jusqu'au 26 juin 1760. 
Suite à un diiférend avec le municipalié, il sera alors remplacé par Pierre Boillaud.